江苏省应用数学科学研究中心以数学和系统科学等理论为基础，突破多学科交叉融合壁垒，实现从0到1的重大理论创新、深入学科交叉研究，将江苏省应用数学科学研究中心打造成为国内乃至国际领先的基础研究学术和人才汇聚高地，前沿性-战略性-导向性研究、人才引进和培养、国际合作、学科发展、团队建设等方面推动总体目标的实现。中心历经自论证、省厅正式论证、 现场考察、省长考察及各阶段工作座谈会于2023年12月6日正式立项建设。

2023年10月13日，东南大学组织论证会，邀请郭雷院士在内的9位领域内资深专家对“江苏省数学与系统科学基础科学中心研究项目”项目实施方案进行了自论证。10月23日，江苏省科技厅邀请陈木法院士在内的7位领域内资深专家对“江苏省数学与系统科学基础研究中心项目”项目实施方案进行了论证。11月3日，江苏省科技厅邀请郭万林院士在内的4位领域内资深专家对“江苏省数学与系统科学基础科学中心研究项目”实施现场进行了考察。11月21日，包括赵岩副省长在内的多位省领导及省科技厅领导莅临东南大学，筹划推动江苏省应用数学科学研究中心进一步落实建设。12月6日，江苏省应用数学科学研究中心正式立项建设。

2024年2月4日，包括刘波副厅长在内的多位省科技厅和社发处领导莅临东南大学，项目组汇报中心已开展工作及下一步建设方案，并开展座谈讨论。3月21日，包括倪国强副厅长、刘波副厅长在内的多位省财政厅和科技厅领导莅临东南大学，项目组汇报中心建设工作，多位领导对中心进一步建设提出建设性意见。5月13日，包括刘波副厅长在内的多位省科技厅领导莅临东南大学，对中心落实建设提供宝贵意见。6月4日，包括王天琦厅长、倪国强副厅长及刘波副厅长在内的多位省财政厅和科技厅领导莅临东南大学，对中心各项建设事务提出建设性意见。

江苏省应用数学科学研究中心践行“一号工程”把人才工作放在“重中之重”，凝聚共识、把握机遇、精心组织、科学谋划，结合学科发展规划，大力实施人才强校战略，建立人才举荐机制，拓宽人才寻访渠道。通过创新体制机制，优化资源配置，营造良好氛围，激发人才活力，全面做好人才工作，打造具有国际影响力的应用数学研究中心。